но:

• аппарат Комитета Государственной Думы по обороне

Со строчной буквы пишутся названия согласительных и иных комиссий, образованных Государственной Думой (в том числе совместно с другими федеральными органами государственной власти), рабочих органов, образованных для обеспечения проведения заседаний палаты:

• депутатская комиссия
• согласительная комиссия

но:

• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по борьбе с коррупцией
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по вопросам профилактики безнадзорности, беспризорности и наркомании среди несовершеннолетних и молодежи
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по геополитике
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по государственному долгу и зарубежным активам Российской Федерации
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по защите прав инвесторов
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по изучению практики применения избирательного законодательства Российской Федерации при подготовке и проведении выборов и референдумов в Российской Федерации
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по развитию ипотечного кредитования
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по содействию нормализации общественно-политической и социально-экономической обстановки и соблюдению прав человека в Чеченской Республике
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по этике
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по оказанию содействия Союзной Республике Югославии в преодолении последствий агрессии Организации Североатлантического договора
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по проблемам устойчивого развития
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по рассмотрению правовых вопросов пользования недрами на условиях раздела продукции
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по содействию в урегулировании политической и экономической ситуации в Приднестровье
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности Российской Федерации
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по проблемам разрешения трудовых споров и конфликтов на предприятиях
• Комиссия Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по проблемам реструктуризации, несостоятельности (банкротства) и ликвидации кредитных организаций

Названия должностей пишутся:

с прописной буквы

• Председатель Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• Первый заместитель Председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• Уполномоченный по правам человека в Российской Федерации
• Руководитель Аппарата Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации

со строчной буквы

• заместитель Председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• председатель Комитета Государственной Думы по обороне
• председатель Мандатной комиссии Государственной Думы
• заместитель председателя Комитета Государственной Думы по культуре и туризму
• первый заместитель Руководителя Аппарата управляющий делами Государственной Думы
• заместитель Руководителя Аппарата Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• руководитель Секретариата Председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• помощник Председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• советник Председателя Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации
• начальник Организационного управления Аппарата Государственной Думы
• руководитель аппарата Комитета Государственной Думы по безопасности

Названия депутатских объединений в Государственной Думе Федерального Собрания Российской Федерации пишутся:

• фракция "Единство" (руководитель Грызлов Б.В.)
• фракция "Коммунистическая партия Российской Федерации" (руководитель
  Зюганов Г.А.)
• фракция Либерально-демократической партии России (ЛДПР) (руководитель
  Лебедев И.В.)
• фракция "Отечество Вся Россия" (председатель Примаков Е.М.)
• фракция "Союз Правых Сил" (председатель Немцов Б.Е.)
• фракция "ЯБЛОКО" (председатель Явлинский Г.А.)
• Агропромышленная депутатская группа (руководитель Харитонов Н.М.)
• депутатская группа "Народный депутат" (председатель Райков Г.И.)
• депутатская группа "Регионы России (Союз независимых депутатов)" (председатель
  Морозов О.В.)

Наименования законов РСФСР, законов Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов и постановлений пишутся:

• Конституция Российской Федерации
• Закон Российской Федерации "О Государственной границе Российской Федерации"
• Закон Российской Федерации "О языках народов РСФСР"
• Закон Российской Федерации "О залоге"
• Федеральный конституционный закон "О Конституционном Суде Российской Федерации"
• Федеральный закон "О федеральном бюджете на 1999 год"
• Федеральный закон "О внесении изменений в Закон Российской Федерации "О налоге на добавленную стоимость"
• Основы законодательства Российской Федерации об охране здоровья граждан
• Патентный закон Российской Федерации
• Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации
• Бюджетный кодекс Российской Федерации
• Водный кодекс Российской Федерации
• Воздушный кодекс Российской Федерации
• Градостроительный кодекс Российской Федерации
• Гражданский кодекс Российской Федерации
• Гражданский процессуальный кодекс РСФСР
• Жилищный кодекс РСФСР
• Земельный кодекс РСФСР
• Кодекс законов о труде Российской Федерации
• Кодекс РСФСР об административных правонарушениях
• Кодекс торгового мореплавания Российской Федерации
• Лесной кодекс Российской Федерации
• Налоговый кодекс Российской Федерации
• Семейный кодекс Российской Федерации
• Таможенный кодекс Российской Федерации
• Уголовно-исполнительный кодекс Российской Федерации
• Уголовно-процессуальный кодекс РСФСР
• Уголовный кодекс Российской Федерации
• Декларация прав и свобод человека и гражданина
• Декрет о власти
• Договор об общественном согласии

но:

• законы Российской Федерации
• федеральные конституционные законы
• федеральные законы
• проект федерального конституционного закона "О чрезвычайном положении"
• проект федерального закона "Об основах законодательства о социальном развитии села"
• постановление Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации от 18 февраля 1999 г. № 46-СФ "О вопросах тарифной политики на транспорте"
• постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 19 марта 1999 г. № 3799-II ГД "О поручении Счетной палате Российской Федерации"
• постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 27 октября 2000 года № 785-III ГД "О Заявлении Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации "В связи с Днем памяти жертв политических репрессий"
• постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 7 февраля 2001 года № 1096-III ГД "О парламентском запросе Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации Председателю Правительства Российской Федерации М.М.Касьянову "О развитии производства и закупках троллейбусов"
• постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 24 июня 1999 года № 4234-II ГД "Об обращении в Конституционный Суд Российской Федерации"
• постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 22 декабря 2000 года № 1001-III ГД "О внесении изменения в статью 40 Регламента Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации"